Bên cạnh việc sử dụng các phần mềm có tính năng ký số, mã mật dữ liệu như GCA-01, Microsoft Office, Adobe Acrobat…, các cơ quan nhà nước còn sử dụng nhiều phần mềm riêng phục vụ hoạt động nội bộ. Khi xây dựng mới hoặc nâng cấp các phần mềm này, nếu các cơ quan nhà nước có nhu cầu đưa chữ ký số vào trong phần mềm (tích hợp chữ ký số) thì Ban Cơ yếu Chính phủ sẽ cung cấp bộ thư viện lập trình (trên nền Winform và Webform) và tư vấn lập trình để các cơ quan nhà nước có thể tự xây dựng, hoặc nâng cấp các phần mềm cho riêng mình.